Monitorowanie środowiska przyrodniczego prowadzone jest w oparciu o aktualny stan prawny. Zapisy zawarte w różnych aktach dotyczące ochrony środowiska, nakładają na podmioty monitorujące szereg ograniczeń i obowiązków. Wobec wyzwań monitoringu dynamicznych procesów przyrodniczych na szczególną uwagę zasługuje monitoring hydrologiczny realizowany zgodnie z zaleceniami zawartymi w udzielanych pozwoleniach wodnoprawnych oraz zgodnie z zaleceniami zawartymi w Ramowej Dyrektywie Wodnej (RDW) w art. 8 Dyrektywy 2000/60/WE. Powyższe zalecenia związane są z badaniem:
elementów fizykochemicznych rzek i cieków. Natomiast analiza elementów biologicznych rzek i cieków realizowana jest najczęściej zgodnie z metodykami Państwowego Monitoringu Środowiska oraz elementów hydromorfologicznych. Równocześnie liczne badania i analizy wykazały, że dotychczasowe systemy monitoringu zalecane przez przepisy prawa są fragmentaryczne i często ograniczone do wycinkowych obszarów oraz pojedynczych komponentów środowiska, co utrudnia szybkie reagowanie na zmiany i ogranicza możliwość długofalowego zarządzania zasobami przyrodniczymi, szczególnie na terenach zaburzonych m.in przez działalność rolniczą. Monitoring pozwalający na dostęp do wiarygodnych, systematycznie i długoterminowo gromadzonych danych środowiskowych — w szczególności dotyczących zmian warunków hydrologicznych, meteorologicznych oraz stanu biocenoz — jest niezbędny dla skutecznej oceny wpływu na środowisko przyrodnicze działalności człowieka. System monitoringu powinien być zintegrowanym i eksperckim narzędziem do bieżącego i predykcyjnego monitorowania środowiska przyrodniczego. Artykuł prezentuje propozycję interdyscyplinarnego, zintegrowanego systemu monitoringu przyrodniczego, zbudowanego na podstawie wyników najnowszych badań naukowych, dostosowanego do dynamicznych zmian spowodowanych zaburzeniami wynikającymi z działalności człowieka m.in. rolniczej i górniczej.

Monitoring of the natural environment is conducted based on current legal provisions. Provisions contained in various environmental protection acts impose a number of restrictions and obligations on monitoring entities. Given the challenges of monitoring dynamic natural processes, hydrological monitoring, conducted in accordance with the recommendations contained in water permits and in accordance with the recommendations contained in Article 8 of the Water Framework Directive (WFD) of Directive 2000/60/EC, deserves particular attention. These recommendations relate to the examination of the physicochemical components of rivers and watercourses. Analysis of the biological components of rivers and watercourses is most often conducted in accordance with the methodologies of the State Environmental Monitoring Service and
hydromorphological elements. At the same time, numerous studies and analyses have shown that existing monitoring systems recommended by law are fragmented and often limited to fragmented areas and individual environmental components, hindering rapid response to changes and limiting the possibility of long-term management of natural resources, particularly in areas disturbed by agricultural activities, among other factors. Monitoring, which provides access to reliable, systematic, and long-term environmental data—particularly regarding changes in hydrological and meteorological conditions and the state of biocenoses—is essential for effectively assessing the impact of human activity on the natural environment. A monitoring system should be an integrated and expert tool for ongoing and predictive monitoring of the natural environment. This article presents a proposal for a natural environment monitoring system, built on the results of the latest scientific research and adapted to the dynamic changes caused by disturbances resulting from human activities, including agriculture and mining.